Валидационно проучване
Кохорта 1: проучване за съответствие при патогенни варианти
Предварително регистрирано валидационно проучване с ясно дефинирани критерии за приемане. Двадесет клинични случая с известни патогенни (P) или вероятно патогенни (LP) варианти, оценени спрямо утвърдена клинична референтна лаборатория.
Спецификация на проучването
Резултати спрямо предварително регистрираните критерии за приемане
| Метрика | Резултат |
|---|---|
| P1 - Откриване на варианта | 20/20 (100%) |
| P2 - Идентифициране на ген | 20/20 (100%) |
| P3 - ACMG съответствие (пълно, идентичен клас) | 14/20 (70%) |
| P3 - ACMG съответствие (клинично равностойно, в рамките на едно ниво P/LP) | 6/20 (30%) |
| P3 - частично или разминаващо се | 0/20 (0%) |
| P3 - общо (пълно + клинично равностойно) | 20/20 (100%) |
| S1 - съвпадение на HGVS нотацията | 20/20 (100%) |
| S2 - съвпадение на функционалните последствия | 20/20 (100%) |
| S3 - съвпадение на зиготността | 20/20 (100%) |
| Всички първични критерии изпълнени | 20/20 (100%) |
Валидационно решение: ПРЕМИНАВА
Всички 20 случая (100%) изпълниха трите първични критерия за съответствие (откриване на вариант, идентифициране на ген, ACMG съответствие), надхвърляйки предварително определения праг от 90% (≥ 18/20). Не бяха наблюдавани частични или разминаващи се резултати. Шестте клинично равностойни разлики (в рамките на едно ниво P/LP) попадат в очаквания диапазон на различия в ACMG класификацията между лаборатории, документиран в рецензираната литература (Amendola 2016, Harrison 2017). Тези разлики се разпределят в две категории: случаи, в които Helena прилага по-консервативни прагове по ClinGen SVI 2023 (SpliceAI < 0.2 за PP3 при сплайсинг), и случаи, в които Helena прекласифицира варианта въз основа на ClinVar с две или повече звезди или на правила на VCEP, специфични за гена, за да повиши класификацията от вероятно патогенен до патогенен.
Валидационният процес допълнително идентифицира и отстрани четири дефекта на класификатора чрез итеративно подобрение (v3.6.0 → v3.6.4). Най-значимото беше системното разширяване на експертния подбор на автозомно-рецесивни гени с механизъм на загуба на функция (приблизително 150 гена с ниво Definitive или Strong по ClinGen Gene-Disease Validity за биалелен механизъм на загуба на функция), което предотвратява неправилна PVS1 класификация на варианти със загуба на функция в гени за автозомно-рецесивни заболявания, чиито популационни показатели за генно ограничение имат недостатъчна статистическа сила.