Аналитичен процес
Анализ и класификация на варианти
От VCF файл до напълно класифицирани варианти с пълна проследимост. Helena анотира всеки вариант чрез Ensembl VEP и прилага указанията на ACMG/AMP 2015 изцяло на основата на правила - без предсказания от изкуствен интелект.
Всеки от 28-те критерия за доказателства се оценява спрямо популационни данни, клинични архиви, изчислителни предсказания и генна нетолерантност. Всеки приложен критерий е документиран и проследим.
Основни възможности
Четири основни компонента за клинична интерпретация, обединени в един работен процес.
Обработка на VCF
Обработка на VCF 4.1 и 4.2 от всяка секвенационна платформа - цял геном, екзом или целеви панели. Филтрирането по качество запазва варианти с известно клинично значение в ClinVar.
Изчерпателна анотация
Ensembl VEP определя функционалните последици, въздействието върху белтъка и засегнатите домейни. Допълнително обогатяване от ClinVar, gnomAD, dbNSFP, ClinGen и 12+ предиктора. Над 60 анотации за всеки вариант.
ACMG/AMP класификация по правила
Всеки от 28-те критерия по ACMG/AMP 2015 (Richards et al.) се оценява систематично. Изкуственият интелект не определя патогенност. Резултатът е една от петте стандартни класификации.
Пълна одитна следа
Всеки приложен критерий е документиран на ниво вариант. Класификацията е изцяло проследима до доказателствените източници. Едни и същи входни данни дават еднакъв резултат.
Техническа основа
Helena обединява водещи геномни и клинични ресурси в класификационния процес. Всеки вариант се оценява спрямо тях.
Ensembl VEP
Функционални последици, белтъчно въздействие
ClinVar
Клинични интерпретации на варианти и ниво на преглед
gnomAD
Популационни честоти на алели (глобални и специфични за популация)
ClinGen
Валидност на връзката ген-заболяване и чувствителност към дозата
dbNSFP
Функционални предсказания от 12+ инструмента
AlphaMissense
Предсказване на патогенност при варианти с променен смисъл (missense) (DeepMind)
SpliceAI
Предсказване на въздействие върху сплайсинга
BayesDel
Мета-предиктор с прагове, калибрирани от ClinGen SVI
GERP++ / PhyloP / PhastCons
Еволюционна консервация
pLI / LOEUF / o/e
Показатели за генна нетолерантност
Покритие на ACMG/AMP критериите
Всеки от 28-те критерия по ACMG/AMP 2015 се оценява систематично. Патогенните и доброкачествените доказателства се претеглят по стандартните правила за комбиниране.
PVS1
Много силно патогенни (Very Strong)
- PVS1, Нулев вариант в ген с установен механизъм на загуба на функция
PS1–PS4
Силно патогенни (Strong)
- PS1, Същата аминокиселинна промяна като при установен патогенен
- PS2, De novo (с потвърдени родителски връзки)
- PS3, Функционални проучвания, показващи увреждащ ефект
- PS4, Значително повишена честота при засегнати индивиди
PM1–PM6
Умерено патогенни (Moderate)
- PM1, Мутационна гореща точка или критичен функционален домейн
- PM2, Отсъстващ или с изключително ниска честота в популационни бази
- PM3, In trans с патогенен вариант (рецесивно)
- PM4, Промени в дължината на белтъка (инсерции/делеции със запазена рамка, загуба на стоп-кодон)
- PM5, Нов вариант с променен смисъл (missense) в остатък с друга патогенна промяна
- PM6, Предполагаемо de novo без потвърждение на родителските връзки
PP1–PP5
Подкрепящо патогенни (Supporting)
- PP1, Косегрегация с болестта при множество засегнати членове на семейството
- PP2, Вариант с променен смисъл (missense) в ген с ниска честота на доброкачествени варианти с променен смисъл
- PP3, Множество изчислителни линии на доказателства подкрепят увреждащ ефект
- PP4, Фенотипът на пациента е силно специфичен за гена
- PP5, Авторитетен източник съобщава като патогенен
BA1
Самостоятелен доброкачествен
- BA1, Честота на алел над 5% в популационни бази
BS1–BS4
Силно доброкачествени (Strong)
- BS1, Честота на алел по-голяма от очакваната за болестта
- BS2, Наблюдаван при здрави възрастни (рецесивен, доминантен, X-свързан)
- BS3, Функционални проучвания, показващи липса на увреждащ ефект
- BS4, Липса на сегрегация при засегнати членове на семейството
BP1–BP7
Подкрепящо доброкачествени (Supporting)
- BP1, Вариант с променен смисъл (missense) в ген, при който само скъсяващи варианти причиняват болест
- BP2, Наблюдаван in trans с патогенен (доминантен) или in cis
- BP3, Инсерция/делеция със запазена рамка в репетитивен регион без известна функция
- BP4, Множество изчислителни линии на доказателства предполагат липса на въздействие
- BP5, Вариант, открит при случай с алтернативна молекулярна основа
- BP6, Авторитетен източник съобщава като доброкачествен
- BP7, Синонимен без предсказано въздействие върху сплайсинга и консервиран
Какво получавате
Резултатът е напълно класифициран и документиран набор варианти, готов за клиничен преглед и фенотипно съпоставяне.
Таблица с класифицирани варианти
Всеки вариант получава една от петте ACMG класификации с изричен списък на приложените критерии.
Доказателства за всеки вариант
Популационни честоти, ClinVar статус, in silico предсказания, еволюционна консервация и показатели за генна нетолерантност - всичко на едно място.
Одитна следа на критериите
За всеки приложен критерий (например PVS1, PM2_supporting) доказателството и използваният праг са документирани и проследими.
Стойност на достоверност
Числена стойност на достоверност за всяка класификация показва силата и броя на подкрепящите критерии и помага при приоритизиране на прегледа.
Вижте класификацията в действие
Заявете демонстрация и вижте как Helena обработва реален VCF - от качване до готова за преглед таблица с класифицирани варианти и пълни доказателства.